为政举措
政治方面
追随曹锟
吴佩孚原是追随冯国璋的“和平统一”，但实际上跟着曹锟是段祺瑞“武力统一”的主力。民国七年(1918年)，正当“武力统一”和“和平统一”的焦灼状态，段祺瑞将他辛苦打下的湖南，拱手送给了嫡系的张敬尧，吴佩孚一怒之下退出衡阳，打起了“和平统一”的旗号。吴氏“罢战主和”，“自是北方每一政治问题发生，必为吴左右，中间倒张敬尧，击败安福系，赶走王占元，击破奉军，左驰右突，靡不如志”。然而到了民国十二年(1923年)，直系业已独揽大权，吴佩孚却又步了段祺瑞的后尘，开始了武力统一的道路，这下成了众矢之的。
但是吴佩孚最大的政治失误便是对曹锟的愚忠。吴氏受曹锟的信任和提拔，“盖北人对长官之忠，非发生于公的意识，全基于私的情感，服从之外，更有报恩的观念。”所以尽管津洛分歧已久，吴氏亦有独领一系的能力，但吴氏始终未有取而代之之心，维护着曹锟的地位。曹锟贿选丑闻一出，直系众叛亲离，吴佩孚对此怒发冲冠，但还是从洛阳赶回北京，戎装上阵。
反对妥协
民国八年(1919年)，全国爆发了反对“巴黎和约”的五四爱国运动。面对民族危亡，皖系力主签约，直系坚决反对，奉系则乐得坐山观虎斗。吴佩孚直接通电大总统徐世昌:“青岛得失，为吾国存亡关头。如果签字，直不啻作茧自缚，饮鸩自杀也。”并表示“卫国是军人天职，与其签字贻羞万国，毋宁背城借一。如国家急难有用，愿率部作政府后盾，备效前驱”。当北洋政府对爱国学生进行大肆逮捕时，他认为大好河山任人宰割之时，这些学生不顾自己的生命，为国家、民族前仆后继，“其心可悯，其志可嘉，其情更有可原”。让大总统释放学生，否则众怒难犯。吴佩孚在五四运动中的行为深得国人的赞许，认为他是一个富有胆略的爱国军人。
保护故宫
直奉战争期间，故宫三大殿幸免一劫而言不能不说吴佩孚还是利用了他的影响力的。民国十二年(1923年)，北京政府为解决国会会场狭小问题，决定拆掉三大殿改建为西式议院。吴佩孚听闻后，立即给大总统、总理、内务总长、财政总长发了电报:“据云，百国宫殿，精美则有之，无有能比三殿之雄壮者。此不止中国之奇迹，实大地百国之瑰宝。若果拆毁，则中国永丧此巨工古物，重为万国所笑，即亦不计，亦何忍以数百年故宫，供数人中饱之资乎?务希毅力维一大地百国之瑰宝无任欣辛盼祷之至。”各报刊争相登载吴氏通电，举国上下坚决拥护，故宫二三大殿得以保护。就连苏俄成为世界上第一个社会主义国家后，为打破孤立状态，基于自身的利益，在对华政策上也企图首先联合握有重兵、正在崛起的直系实权人物吴佩孚，而非执著于中国革命事业，但手无兵权被他们称为“梦想家”的孙中山。
军事方面
军事才能
吴佩孚是北洋军阀集团的后起之秀，特别是20年代以后更是举足轻重的人物。吴佩孚提出“救国同盟条件”这一军事密约的目的，是要“北以共同对付皖系军阀，南以排斥孙中山，镇压革命”。这一方面反映了吴佩孚的政治本质与政治野心，同时也说明他后来能成为“八方风雨会中州”的重要人物绝非偶然。蒋自强《从第一次直奉战争看吴佩孚的军事谋略》一文对吴佩孚在第一次直奉战争中的排兵布阵、指挥作战等作了专门研究，从一个侧面反映了吴颇著声名的军事谋略才能的一般情况。
吴佩孚可以称得上是北洋军阀中最善战的骁将，被誉为常胜将军。“秀才用兵，颇用心计”，秀才出身的吴佩孚是弃笔从戎十分成功的例子之一。吴氏深明韬略，长于治军，故其所部，操练勤奋，纪律严明。绝非他项军队所能及。
讨伐皖系
吴佩孚的军队民国七年(1918年)至八年(1919年)间直系兵力日趋强大，从5个混成旅扩大为9个。在军事、政治条件皆成熟的情况下，曹、吴决定与段祺瑞决一雌雄，问鼎中央政权。为加大取胜筹码，曹、吴力争欲雄霸中原的东北奉系军阀张作霖的支持。民国九年(1920年)4月，吴佩孚密联与曹锟及其他一些军阀结成八省反皖同盟。5月，为增强北方直军的实力，积极配合曹锟夺取****，吴佩孚率领第三师及三个混成旅撤离驻守的衡阳北上，沿途突破张敬尧等皖系将领的封锁、堵截，顺利抵达武汉，曹、吴南北呼应。
徐世昌当政时为安抚势力强大的军阀特设巡阅使制度，各巡阅使兼管数省的军事和民政大权。直皖战争结束后，曹锟由原来的川粤湘赣四省经略使的虚职改任直鲁豫巡阅使，吴佩孚为副使，张作霖任东三省巡阅使，晋授为镇威上将军。北洋政府进入到由直、奉两系军阀共同控制时期。直皖一战吴佩孚虽只是区区的一个师长，但却引起了国际上的关注。
直奉战争
民国九年(1920年)9月，吴佩孚升任鲁豫巡阅副使后便率领他的第三师开进军事重镇洛阳，招贤纳士、筹饷练兵，扩充实力。他把军事指挥机构中心设在原袁世凯的离宫，在其东西两侧新建50多间房屋作为参谋本部给他的幕僚策士居住，在其南修建“继光楼”专门接待中外重要访客。除此之外还为学生兵修建了1千多孔窑洞作为宿舍。同时设立无线电台，修建飞机场，购买飞机，开洛阳航空先河。
民国十一年(1922年)4月第一次直奉战争爆发。曹锟授予吴佩孚军事指挥全权，代表直系以洛阳之师为主力迎战张作霖，第一次直奉战争使吴佩孚达到了其军事生吴佩孚与张作霖涯中的顶峰。第一次直奉战争结束后虽然直系完全掌握了****。就当前形势所应采取的方略而言，吴佩孚与曹锟意见相左，力主以武装统一为当前的头等大事，而曹锟却迫切想当总统，认为做了总统再统一也不迟。吴佩孚对其“恩君”“曲进谏言，以挽救其失，万不可动辄谋叛，以陷于大不忠之地步”。在苦劝无果的情况下，吴佩孚回到洛阳集中精力继续苦心经营自己的大本营。
民国十二年(1923年)，吴佩孚虎踞洛阳，在其最鼎盛时期，拥兵数十万人，其中直属部队五个师和一个混成旅十余万人，控制着直隶、陕西、山东、河南、湖北等省地盘。当时全国有18个省的督军、总督的代表机构就设洛阳，洛阳成为各方所仰望的中心，被时人称为“西宫”。吴佩孚五十寿辰时，全国各地来洛阳向他祝寿的达官显贵、文化名人及各国驻华使节就有六七百人之多。由于吴佩孚当时已成为北方实力最大的军阀，洛阳实际上成为了北方的政治、军事中心。按曹锟所言:“只要洛阳打个喷嚏，北京天津都要下雨。”
主要思想
政治思想方面:传统性的民本思想;传统性的国家统一观;带有传统性的对外关系思想。
军事思想既具有传统性，又有现代色彩:1、在治军中，利用传统的忠孝观念思想教育，取得了一定效果;但由于社会秩序混乱，传统思想的灌输无法阻挡官兵对个人生存和利益的追逐。2、对舆论战、立体战、情报战有一定的认识。
文化思想:中体西用，倡言中国文化优越论，十分重视作为体的中国传统的忠孝观、夫妇观。
轶事典故
避难京城
光绪二十三年(1897年)的一天，23岁的吴佩孚烟瘾大发，可“普通座”已无空位，吴佩孚与当地著名豪绅翁氏相商，想借用翁氏所包的“雅座”一角抽几口过过瘾。谁知未过成烟瘾，却被翁氏踢了一脚，赶出了房门。为出此口恶气，吴佩孚找到了当时蓬莱县城很有名气、由十个落第书生组成的“十虎”集团，求这些文痞、讼棍帮忙出气。不日“十虎”大闹翁府，遭到官府缉拿。为避此祸，吴佩孚连夜逃往北京，穷困潦倒。为了糊口，他只有凭自己念过四书五经的能耐，刻苦攻读“相命书”，为他人卜卦算命。无论是吴佩孚本人或是翁氏都没有想到，烟馆“雅间”的一脚会踹出日后的一个手握重兵，叱咤风云的大军阀。
谍战锋芒
光绪三十年(1904年)2月，日俄战争爆发，日俄战争前夕，由日军守田利远少佐带领渡海分别到旅顺、大连等地刺探俄军军事活动情报，尤其是俄国东方舰队的实力情况。在执行此次任务中，吴佩孚给日本人的印象是“温和良顺，举动不苟;交人圆和而不露圭角;任事处变而不急近功和不邀虚名;所自信以为是者，则行之以渐。”因此给他起了个绰号叫“总有法子先生”。吴佩孚出色的情报工作才能，深受守田的青睐。守田奖赏吴佩孚500大洋，并破例准假一周让吴佩孚骑着自己的坐骑回家探亲。
重情重义
吴佩孚孤标傲世，但他有一个特点，滴水之恩，当涌泉相报。他有个知己叫郭绪栋，他见到吴佩孚说:“人说秀才遇见兵，我是在兵里头遇了秀才，我还是不第秀才，好意思叫你做我的下人吗?”他又叹了口气，“枳棘非栖凤之地，我得替你想想出路。”吴佩孚得意之后没忘了郭绪栋，几次促其出山。郭绪栋提出衣锦还乡后，他却连连点头说:“这事好办。”没有几天，北京政府下文任命郭绪栋为山东盐运使，这可是个一等一的肥缺，但郭绪栋噘着嘴向吴佩孚道:“你自己高高在上，难道我就不够当一任高官?”郭绪栋又叹了一口气:“老弟你听我说，我不做高官则已，要做就得做山东高官，让我在家乡露露脸，死亦无憾。”吴佩孚倒抽一口凉气，这现任山东高官熊炳琦就是曹锟的参谋长，难道他的参谋长不配做高官，得改用我的秘书长去做?郭绪栋又补充道:“我不过随便说说，听不听由你。”但吴佩孚却将这事记在了心上，费时达六个月，软磨硬泡，终于将山东高官一职送给了郭绪栋。
结识曹锟
吴佩孚在以间谍身份出色完成了其一生吴佩孚在北平居所留影当中的第一次重大军务后，被派到北洋陆军主力第三镇，从此与日后为民国八大总统之一的曹锟结下了不解之缘。1907年，曹锟成了第三镇的统制(师长)。一次吴佩孚随曹锟驻防吉林时，曹锟要用东北地图，整个第三镇只有吴佩孚有一张在日俄战争时期自己绘制的东北地图，由此曹锟对吴佩孚开始有所关注。次年吴佩孚调任炮兵第三标第一营管带。
袁世凯当上大总统不久，便开始紧锣密鼓地为复辟帝制进行准备，1915年护国运动的爆发。曹锟部被派往四川镇压蔡锷的护国军。此战吴佩孚不仅取得了泸州、纳溪的胜利，而且还第二次救了曹锟的性命。曹锟感激万分，誓与吴佩孚共进同退、不离不弃，并向袁世凯禀报了吴佩孚的功绩，吴佩孚被授予陆军中将。护国运动的风起云涌，使袁世凯遭遇称帝危机。
芝泉借才
吴佩孚与段祺瑞也有一段师生之谊，吴佩孚是从武备学堂出来的，段祺瑞是那所学堂的校长，但两人那时地位隔得太远，段祺瑞还没有注意到这位未来的常胜将军。吴佩孚引起段祺瑞注意，还是因为段祺瑞与郭绪栋有过一席交谈。段祺瑞找到曹锟，说是向曹锟要一样东西，“我不要你金银财宝，我只要你手下的一位小团长。”段祺瑞点明了来意。
没想到刚才说得好好的曹锟立刻翻脸，他问段祺瑞:“当年袁世凯向段大人要小徐子，你为什么不给?”段祺瑞打个哈哈，他知道曹锟贪财，因此预先声明，因为要举行秋操，他忙不过来，只是暂调吴佩孚，忙过这一阵子就归还，不用担心他抢人才。接着拿军火换吴佩孚，曹锟立刻动了心，他也变了口气:“说定了，那个姓吴的只是借用，到时得还给我的。”听说吴佩孚将要改换门庭，郭绪栋向段祺瑞进言，“吴子玉确是个人才，但他不适合你段大人，他在你这里要受委屈的。”
爱国气节
自“九一八事变”以来，日本为加快侵略中国的步伐，用尽一切办法收买汉奸为其服务。吴佩孚作为北洋军阀中继袁世凯、段祺瑞之后的中心人物自然成为日本特务的焦点。对吴佩孚(右一)全家合影日本的侵略罪恶，吴佩孚是深恶痛绝的。即便流落四川有东山再起之意时，日本特务头子荒木代表日本愿奉送“步枪十万支、机枪二千挺、大炮五百门，子弹若干，此外并助款百万”，但他拒而不受。
抗战爆发后，日军以吴佩孚名义在河南征召伪军。当得知南京大屠杀的消息后，为表示抗议，他整整绝食一天。国民党军炸开花园口黄河大堤，他为淹死很多日本人而喜，但又为无家可归的140万中国人而悲。日本特务头子土肥原、川本等采取拉拢、威逼各种手段都未能让吴佩孚放弃民族气节。